Iako su zbog te tragedije donesene i pravosnažne presude, ostala su otvorena pitanja -od toga kako je moguće da jedan projektil pobije toliko ljudi, do pitanja ko je za nju zaista odgovoran?
Glavni štab Vojske Republike Srpske, koju su sarajevski mediji odmah označili kao krivca, odbacio je odgovornost za Markale, a i u izvještaju međunarodnih posmatrača koji je proslijeđen u sjedište UN-a stoji mogućnost da je tragedija bila inscenirana.
Više međunarodnih i domaćih stručnjaka tvrdilo je da ne postoji ugao pod kojim je Vojska RS sa svojih položaja oko Sarajeva mogla da pogodi pijacu “zavučenu” u centru grada.